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■ストーリー：限界を超えた闘いの果てに、この世界の謎が明かされる！

　幻のポケモン・アルセウスは“命の宝玉”を人間に貸し与え、その力によって荒廃していたミチーナは緑豊かな土地になった。しかし人間はアルセウスにその宝玉を返す約束を破り、攻撃を仕掛けた。裏切られたアルセウスは激しい怒りを抱えたまま、永い眠りにつく。「次に目覚めるときは人間に裁きを下す。」…そしてついにアルセウスが再び目覚める時がきた。ミチーナの神殿のまもりびとであり、ポケモンと心を通わす能力をもつシーナとケビン、それにサトシたち一行はアルセウスの怒りを鎮めるため、古代のミチーナへ時空を超えた旅に出る…！