2007年夏に大ヒットした『ハリー・ポッターと不死鳥の騎士団』を監督したデイビッド・イェーツが『ハリー・ポッターと謎のプリンス』でも再登板。シリーズ全作で製作を務めてきたデイビッド・ヘイマンがデイビッド・バロンと共に本作でも製作を担当する。シリーズ第１作～４作まで脚本を手がけたスティーブ・クローブスがＪ．Ｋ．ローリングの原作を基に脚色。

ワーナー・ブラザース映画提供、ヘイデイ・フィルムズ制作、『ハリー・ポッターと謎のプリンス』はＪ．Ｋ．ローリング作の大人気シリーズを基にしたワーナー・ブラザース映画の「ハリー・ポッター」シリーズ待望の第６作。今回もダニエル・ラドクリフ、ルパート・グリント、そしてエマ・ワトソンが若き魔法使い、ハリー・ポッター、ロン・ウィーズリー、ハーマイオニー・グレンジャーとして、ヴォルデモート卿の復活によって引き起こされる新たな難問と危険に直面する。ヘレナ・ボナム＝カーター、デイビッド・ブラッドリー、ロビー・コルトレーン、ワーウィック・デイビス、トム・フェルトン、マイケル・ガンボン、アラン・リックマン、マギー・スミス、ナタリア・テナ、ジュリ―・ウォルターズ、デイビッド・シューリス、さらにイバナ・リンチ、マシュー・ルイス、ボニー・ライトなどのおなじみのメンバーが勢ぞろい。

そして、この豪華キャストに２人の名優が新たに加わる。まず、『アイリス』でアカデミー賞を受賞したジム・ブロードベント（『ナルニア国物語／第１章：ライオンと魔女』）が魔法薬学教授ホラス・スラグホーンを演じる。スラグホーンは、かつて謎のプリンスが持っていた古い魔法薬学の教科書をハリーに渡すのだが、じつはそれはハリーにとって非常に貴重なものとなる。また、ドラコ・マルフォイの母で、邪悪なベラトリックス・レストレンジとは姉妹のナルシッサ・マルフォイを受賞経験豊富なヘレン・マックロリー（『クィーン』『Becoming Jane』）が演じる。

『ハリー・ポッターと謎のプリンス』では、ヴォルデモートがマグル、魔法使い両方の世界における支配力を強めようとし、ホグワーツはもはやかつてのような安全な場所ではなくなる。ハリーは学校の中にも危険が潜んでいるのではないかと疑うが、最終決戦が迫っていることを知っているダンブルドア校長は、ハリーに戦いの準備をさせることのほうに力を入れる。ふたりはヴォルデモートの防御を解く手がかりを見つけようとし、そのために、ダンブルドアは旧友であり、元同僚でもあるホラス・スラグホーンを学校に迎え入れる。有力なコネをもち、疑うことを知らないこの美食家の教授が極めて重要な情報を握っていると確信しているからだ。

一方、ホグワーツの生徒たちはまったく種類の違う敵と闘っていた。それは学校中に蔓延する思春期の恋の病。　ハリーはますますジニーに惹かれていくが、それはディーン・トーマスも同じ。ラベンダー・ブラウンはロンこそ自分が求める男の子だと決めつける。ただし、彼女にとってロミルダ・ベインのチョコレートがもたらした影響は想定外だった。そしてハーマイオニーは嫉妬で爆発しそうになりながらも、断固として感情を外に出さない。このように学校中がロマンスで浮き立つなかで、一人の生徒だけが超然としていた。彼は目標を達成することだけに集中する。たとえそれが輝かしいものではないとしても。ホグワーツ全体に恋愛ムードが漂うが、悲劇の暗雲が近づいてくる。すべてが終わったとき、ホグワーツは永久に変わってしまうかもしれない……。