【ストーリー】
今度の敵は、ケロロより強いケロロ！？

インカ帝国の遺跡マチュピチュを訪れた冬樹とケロロ小隊。オカルト好きの冬樹は大喜びだが、ケロロの頭の中は地球侵略のことでいっぱい。彼らはそこで迷路のような遺跡を発見するが、トラップに引っかかり脱出を余儀なくされる。そんな中、冬樹は一瞬、迷路の中に佇む一人の少女を見かける。少女の謎を抱えたまま東京に帰った冬樹とケロロたちの前に、最強の敵が現れる。姿はケロロとそっくりだが、ケロロと違って迅速かつ冷徹に地球侵略を企てる“ダークケロロ”だ。彼は優秀な部下たちを引き連れ、地球各地で侵略を開始！それを迎え撃つケロロ小隊の運命は…！？

人気コミック「ケロロ軍曹」の劇場版第3弾。第1弾と第2弾で、侵略どころか恐るべき危機から地球を救い続けてしまったケロロ軍曹の前に、ついに最悪で最強の敵が現れた！謎の空中都市を舞台に、ケロロ史上最大のバトルアクションが繰り広げられる。（作品資料より）

【監督】
山口晋

【声の出演】
渡辺久美子
小桜エツ子
中田譲治
子安武人
草尾毅
川上とも子
斎藤千和
藤原啓治

【配給】
角川映画